El edifico del Real Monasterio de Ntra. Sra. de Guadalupe, debido a las sucesivas ampliaciones a las que se ha visto sometido, es de trazado irregular, utilizándose en su construcción preferentemente la mampostería y el ladrillo. En su conjunto, el Monasterio da el aspecto de fortaleza, donde incluso se pueden observar torres almenadas y murallas. Recordamos que desde 1389, por privilegio otorgado por el rey Juan I, una vez alzada la Iglesia del Santuario en el Monasterio, se entregó éste a la Orden Jerónima, cuyo primer Prior fue el Padre Yáñez.

El proceso constructivo del Monasterio por parte de los Jerónimos, durará desde el S. XIV hasta el S. XVIII. Sobresale la edificación en este período del claustro mudéjar o de los Milagros, entre 1389 y 1405, situándose en torno a él dormitorios, el refectorio, bodegas y otras dependencias propias del Monasterio. El claustro, de forma rectangular, cuenta con dos cuerpos de arquería a cada lado. Cada galería está formada por arcos túmidos encuadrados en alfiz, que se apoyan en pilares de base cuadrada con curiosas y originales aristas en chaflán. En el centro del patio de este claustro se erige un bello templete mudéjar, único en su estilo, construido en 1405 por Fray Juan de Sevilla. Llama la atención, dentro de este claustro, la Glorieta o Lavatorio cubierto con bóveda de crucería y con una solería realizada con alicatado mudéjar. En los muros del claustro se expone una interesante colección de lienzos, que nos hablan de los innumerables milagros en los que la Virgen ha intervenido durante siglos. Realizado por Egas Cueman entre 1458 y 1460, destaca el sepulcro de Fray Gonzalo de Illescas, Prior del Monasterio y que fue Obispo de Córdoba. Cerca se encuentra también, en la vecina Capilla de San Gregorio, el enterramiento y sepulcro de Don Juan Serrano último Prior secular de Guadalupe, de 1403.

El que fuera antiguo refectorio del Monasterio de los Jerónimos está ocupado hoy por el Museo de Bordados, lugar donde se guardan más de doscientas piezas realizadas en el propio taller del Monasterio (frontales, casullas, dalmática...). Este Museo fue inaugurado en 1928 por el rey Alfonso XIII. La antigua Sala Capitular es el lugar donde se encuentra el Museo de Miniados, considerado uno de los mejores del mundo, donde se exponen magníficamente cantorales de grandes dimensiones de los siglos XIV al XVIII y otras muestras de la intensa actividad del "Scriptorium" guadalupense, sobresaliendo el denominado "Libro de las horas del Prior" del S. XVI. Situado en la antigua repostería del Monasterio se encuentra el Museo de Esculturas y Pinturas; en él se exhibe una interesante colección de los fondos escultóricos y pictóricos del Monasterio, que va desde el S. XV al S. XIX, con obras de Juan de Flandes, Zurbarán, Isebrant, Goya y, en lugar destacado, tres lienzos del Greco, que proceden de Talavera la Vieja. Hay también otros espacios museísticos dentro del Monasterio, entre los cuales sobresale la Sacristía, construida en el S. XVII, con pinturas murales de la Peña y Manuel Ruíz. Aunque sin duda, lo que más atrae al visitante es poder contemplar algunas de las obras realizadas por el célebre pintor extremeño de Fuente de Cantos, Francisco de Zurbarán que representan las virtudes de los Padres Jerónimos. Sobresale la denominada "Apoteosis de San Jerónimo", situado en la Capilla, al fondo de la Sacristía.

En el Relicario se exponen medio centenar de reliquias y la famosa "Arqueta de los Esmaltes", los "Mantos Ricos" de la Virgen... En el Coro de la Iglesia podemos contemplar una magnífica sillería realizada bajo la dirección de Manuel de Lara y Churriguera, siendo los relieves de la sillería alta obra de Alejandro Carnicero, realizados a mitad del S. XVIII. Sobre esta sillería y en la bóveda del Coro podemos observar unas magníficas pinturas murales, atribuidas al que fuera pintor de Cámara de Isabel La Católica, Juan de Flandes. A final del S. XVII y realizadas por el maestro Francisco Rodríguez Romero, se realizaron las obras de construcción del Camarín de la Virgen, obra barroca y de planta central en forma de octógono, con una bella decoración de esculturas barrocas de las "Ocho Mujeres Fuertes" del Antiguo Testamento y pinturas marianas de Luca Giordano. En dicho Camarín se puede contemplar la bella imagen de la Patrona de la Hispanidad. La Iglesia del Monasterio es una construcción gótica, levantada sobre la planta de la primitiva mudéjar, con tres naves en la cual la central es más alta y más ancha, siendo la cubierta de las naves de bóveda de crucería. Su interior posee numerosas piezas de arte, la ya mencionada talla protogótica de finales del S. XII o principios del XIII de Ntra. Sra. de Guadalupe, expuesta en el retablo mayor barroco clasicista de principios del S. XVII y cuyo Sagrario fue el escritorio de Felipe II, donándolo en 1569. La reja de hierro forjado, de estilo gótico renacentista, es obra de Fray Francisco de Salamanca y Fray Juan de Ávila, fechada entre los años 1510 y 1514. En la Capilla de Santa Ana se encuentra el sepulcro de D. Alfonso de Velasco y su esposa Dª Isabel de Cuadros, en posición orante, obra gótica hispano flamenca de finales del S. XV, de Anequín Egas. En el exterior destaca la fachada principal, con bellos rosetones realizados con ladrillos aplantillados, que combinan magistralmente con lazos mudéjares y tracería gótica, y las puertas.